همچنین یک مرور نظام‌مند جدید که ۴۱ مطالعه انسانی منتشرشده بین سال‌های ۲۰۱۶ تا ۲۰۲۵ را بررسی کرده است، نشان می‌دهد که کوتاه شدن خواب، اختلالات خواب و ناهماهنگی ریتم شبانه‌روزی می‌توانند با تغییراتی در ترکیب و عملکرد میکروبیوم همراه باشند؛ البته نتایج درباره تنوع میکروبی در همه مطالعات یکسان نبوده است.
این یافته‌ها نشان می‌دهند که رابطه میان خواب و میکروبیوم پیچیده‌تر از یک رابطه ساده «باکتری خوب = خواب خوب» است.

یکی از مکانیسم‌های احتمالی ارتباط میان میکروبیوم و خواب، تأثیر میکروارگانیسم‌های روده بر مواد مرتبط با سیستم عصبی است.
برخی میکروارگانیسم‌های روده می‌توانند در متابولیسم ترکیباتی مانند تریپتوفان نقش داشته باشند. تریپتوفان پیش‌ساز سروتونین است و سروتونین نیز در مسیرهای زیستی مرتبط با تولید ملاتونین نقش دارد. ملاتونین یکی از عوامل مهم در تنظیم چرخه خواب و بیداری است. بنابراین، تغییر در مسیرهای متابولیکی مرتبط با تریپتوفان می‌تواند یکی از مسیرهای احتمالی ارتباط میان میکروبیوم، ریتم شبانه‌روزی و خواب باشد.
با این حال، نباید از این یافته‌ها نتیجه گرفت که تغییر یک نوع باکتری به‌تنهایی می‌تواند سطح ملاتونین را به شکل قابل پیش‌بینی تغییر دهد؛ زیرا این سیستم بسیار پیچیده‌تر از یک مسیر خطی است.

اسیدهای چرب کوتاه‌زنجیر از جمله محصولات مهم تخمیر برخی ترکیبات غذایی توسط باکتری‌های روده هستند. از مهم‌ترین آن‌ها می‌توان به استات، پروپیونات و بوتیرات اشاره کرد. این ترکیبات می‌توانند در تنظیم متابولیسم، عملکرد سیستم ایمنی و ارتباط میان روده و سایر اندام‌ها نقش داشته باشند. مطالعات موجود همچنین احتمال ارتباط آن‌ها با فرایندهای عصبی و خواب را مطرح کرده‌اند.
بنابراین، نوع رژیم غذایی می‌تواند به‌صورت غیرمستقیم بر ارتباط میان روده و مغز تأثیر بگذارد؛ زیرا رژیم غذایی یکی از عوامل مهم تعیین‌کننده مواد در دسترس برای فعالیت میکروبیوم است.

پژوهش‌ها ارتباط میان تغییرات میکروبیوم و اختلالات مختلف خواب را بررسی کرده‌اند. این مطالعات شامل بی‌خوابی، اختلالات مرتبط با ریتم شبانه‌روزی و برخی اختلالات تنفسی هنگام خواب هستند. مرورهای علمی نشان می‌دهند که در برخی اختلالات خواب، تفاوت‌هایی در ترکیب میکروبیوم افراد مشاهده شده است. با این حال، این تفاوت‌ها در همه پژوهش‌ها یکسان نیستند و عواملی مانند رژیم غذایی، داروها، سن، بیماری‌های همزمان و سبک زندگی می‌توانند نتایج را تحت تأثیر قرار دهند.
بنابراین، در حال حاضر بهتر است از عبارت «ارتباط میکروبیوم با اختلالات خواب» استفاده کنیم و نه اینکه ادعا کنیم اختلال میکروبیوم به‌تنهایی علت ایجاد اختلال خواب است.

آیا می‌توان از میکروبیوم برای درمان اختلالات خواب استفاده کرد؟
با توجه به ارتباط میان میکروبیوم و خواب، پژوهشگران به بررسی مداخلاتی مانند پروبیوتیک‌ها، پری‌بیوتیک‌ها، رژیم غذایی و سایر روش‌های تغییر میکروبیوم پرداخته‌اند.
برخی مطالعات نتایج امیدوارکننده‌ای نشان داده‌اند، اما شواهد هنوز برای توصیه یک روش مشخص به‌عنوان درمان قطعی اختلالات خواب کافی نیستند. مرورهای علمی نیز بر ضرورت انجام مطالعات انسانی بزرگ‌تر، کنترل‌شده و طولانی‌مدت تأکید دارند. به همین دلیل، نباید پروبیوتیک‌ها یا سایر محصولات مرتبط با میکروبیوم را جایگزین درمان استاندارد اختلالات خواب دانست.