والدین او، ایزابلای کاتولیک شهبانوی کاستیا و فردیناند کاتولیک، شاه آراگون، توانسته بودند با فتح غرناطه، اخراج یهودیان و مسلمانان از شبهجزیره ایبری،[۱] و کشف اتفاقی قارهٔ آمریکا با حمایت مالی از کریستف کلمب اسپانیای واحد را پایهگذاری کنند. خوانا به شکلی اتفاقی[۲] و پس از مرگ ناگهانی برادرش خوان در ۱۴۹۷، خواهر بزرگش ایزابلای آراگون در ۱۴۹۸، و خواهرزادهاش میگل دا پاز در ژوئیه ۱۵۰۰ (تنها چند ماه پس از تولد کارل) به ولیعهدی کاستیا رسید.