دوشان در فرانسه متولد شد و در خانوادهای اهل فرهنگ رشد کرد. خانهٔ آنها مملو از نقاشیها و قلمزنیهای «امیل نیکول» پدر بزرگ مادریاش بود و خانواده او به بازی شطرنج، خواندن کتاب، نقاشی، و موسیقی علاقه داشتند. خواهر و برادران او هم هنرمندان موفقی شدند:
ژاک ویلون (۱۹۶۳–۱۸۷۵)، نقاش
ریموند دوشان-ویلون (۱۹۱۸–۱۸۷۶)، مجسمهساز
سوزان دوشان (۱۹۶۳–۱۸۸۹)، نقاش
در کودکی به همراه دو برادر بزرگترش خانه را ترک کرد و در روان به مدرسه رفت. او به خواهرش سوزان بسیار نزدیک بود که همیشه در بازیها و فعالیتهایی که از قدرت تخیل فوقالعاده مارسل ناشی میشد، همراه و همپای او بود. اگرچه مارسل دانش آموز برجستهای نبود، اما در ریاضیات استعداد داشت و در مدرسه برندهٔ دو جایزهٔ ریاضی شد. در سال ۱۹۰۳ یک جایزهٔ نقاشی به دست آورد، و در جشن فارغالتحصیلی در ۱۹۰۴ جایزهٔ دیگری برنده شد که او را در تصمیمش برای هنرمند شدن مصمم کرد.