گام آغازین جهت ایجاد دانشگاه شهرکرد در خردادماه سال ۱۳۵۶ با تأسیس دانشکدهٔ دامپروری شهرکرد در یک ساختمان استیجاری واقع در میدان دانشگاه برداشته شد. با پایان یافتن انقلاب فرهنگی و بازگشایی دانشگاه‌ها در سال ۱۳۶۲، دانشکدهٔ دامپروری به آموزشکدهٔ کشاورزی تبدیل شد و به‌عنوان زیر مجموعهٔ ای از دانشگاه صنعتی اصفهان با پذیرش ۳۰ دانشجو در دو رشتهٔ امور زراعی و امور دامی در مقطع کاردانی به کار خود ادامه داد. در سال ۱۳۶۷ آموزشکده کشاورزی به مجتمع آموزش عالی ارتقاء یافت و در تاریخ ۱۶ دی‌ماه ۱۳۷۰ با موافقت شورای گسترش آموزش عالی کشور مجتمع آموزش عالی شهرکرد به "دانشگاه شهرکرد" تبدیل شد. فضاهای آموزشی، کمک آموزشی و رفاهی موجود در دانشگاه بالغ بر ۱۴۷۰۰۰ متر مربع بوده و ۴۰۰۰۰ متر مربع نیز در دست احداث میباشد. دانشگاه شهرکرد در حال حاضر دارای ۳۳۰ عضو هیأت علمی، بیش از ۳۰۰ کارمند، بیش از ۷ هزار دانشجو و ۴۹ رشته در مقطع کارشناسی، ۷۹ رشته کارشناسی ارشد، ۳۶ رشته دکتری تخصصی و ۱ رشته دکتری حرفه‌ای میباشد. در حال حاضر این دانشگاه دارای ۸ دانشکده (فنی و مهندسی، ادبیات و علوم‌انسانی، علوم پایه، ریاضی، دامپزشکی، کشاورزی، منابع طبیعی و علوم زمین، علوم انسانی و هنر فارسان) همچنین۶ پژوهشکده (فناوری جنین دام، زیست فناوری، بیماری‌های مشترک انسان و دام، مرکز رشد، مرکز تحقیقات منابع آب و نانو) میباشد. همچنین در سال ۱۳۹۵ مرکز شتابدهی نوآوری و مرکز تخصصی آپا(آگاهی رسانی، پشتیبانی و امدادرسانی) در دانشگاه راه‌اندازی گردید.
