گرچه، مختار کمتر از دو سال حکومت کرد اما اندیشه او پس از مرگش از میان نرفت. در دوران حکومت او بود که پیشرفت و اهمیت یافتن جایگاه موالی باعث نارضایتی اشراف کوفه شد. او محمد حنفیه را امام و مهدی اعلام کرد. به گفته ویلفرد مادلونگ، این نخستین بار بود که نام مهدی در تاریخ اسلام مطرح می‌شد. پس از او این ایده اهمیت یافت. به گفته عبدالعزیز ساشادینا او نخستین شخصی بود که مفهوم بَداء (تغییر خواست الهی) را معرفی کرد؛ هنگامی که پس از شکست در نبرد مذار او مدعی شد پیروزی به او وعده داده شده بود و او گفت که خدا برنامه و نقشه‌اش را تغییر داده‌است.
همچنین مرتضی مطهری نیز در مورد ادعای مهدویت از سوی مختار گفته‌است که اولین باری که می‌بینیم اثر اعتقادات مهدویت در تاریخ اسلام ظهور می‌کند، در جریان انتقام مختار از قاتلان حسین بن علی است. او راه و روش مختار را سیاسی می‌داند و بیان می‌کند که او می‌دانست حمایت مردم از خود را همراه نخواهد داشت و بنا بر روایتی با علی بن حسین تماس می‌گیرد و با پاسخ منفی او به سوی محمد حنفیه می‌رود و با مطرح کردن حدیثی از سوی محمد، پیامبر اسلام مبنی بر اینکه مهدی موعود هم نام اوست، محمد حنفیه را مهدی موعود دانسته و خود را نماینده او معرفی کرد و به بازی سیاسی خود پرداخت. او همچنین در همراهی و پذیرش محمد حنفیه با مختار در مهدی دانستن خود تشکیک کرده‌است
