گوارش اصلی پروتئین‌ها از معده و با آنزیم پپسین شروع میشود. پس از ورود مواد غذایی به روده باریکاندوپپتیدازها مانند تریپسین، کیموتریپسین کار پپسین را ادامه می‌دهند و پروتئین‌ها را به پلی پپتیدهای کوچکتر تجزیه می‌کنند. عمل آنزیم تریپسین شکستن پیوند پپتیدیتشکیل شده توسط عامل کربوکسیل اسیدهای آمینه لیزینو آرژنین است. نقش دیگر تریپسین، فعال ساختن کیموتریپسینوژن و تبدیل آن به کیموتریپسین است. کیموتریپسین موجب شکستن پیوندهای پپتیدی تشکیل شده توسط گروه کربوکسیل اسیدهای آمینه آروماتیک است (Tyr, Trp, Phe) می شود. تریپسین موجب تبدیل آنزیم‌های پروکربوکسی پپتیداز به کربوکسی پپتیداز می‌گردد.
اگزوپپتیدازها مانند کربوکسی پپتیداز (ترشح شده از لوزالمعده) و آمینوپپتیداز (دیواره پرزهای روده) مرحله نهایی هضم پروتئین‌ها را برعهده دارند و پلی پپتیدها را به اسیدآمینه‌های ساده تجزیه می‌کنند. آنزیم‌های کربوکسی پپتیداز موجب جدا کردن اسیدهای آمینه از انتهای کربوکسیل زنجیر آیمنو اسید می‌باشند.
