اگرچه رومیان نسبت به یونانیان رفتار خصمانه‌تری نسبت به مصریان داشتند، ولی برخی سنت‌های قدیمی ادامه یافت، مثلاً شماری از امپراتوران روم خود را در قامت فرعون به تصویر می‌کشیدند – اگرچه نه به اندازهٔ بطلمیوسی‌ها. این امپراتوران خارج از مصر زندگی می‌کردند و وظایف تشریفاتی پادشاهی مصر را انجام نمی‌دادند. مناسبات اداری و دیوانسالاری محلی به سبک رومی درآمد و راه برای ترقی بومیان مصری بسته شد.[۶۸]

درآمد و راه برای ترقی بومیان مصری بسته شد.[۶۸]

مسیحیت از اواسط قرن اول میلادی در مصر ریشه دواند. در ابتدا دینی در میان دریای ادیان مختلف دیده و تحمل می‌شد. با این حال، مسیحیت به جذب پیروان جدید از ادیان متعدد مصری و یونانی-رومی برآمد و سنت‌های مذهبی رایج را تهدید کرد. این امر به آزار و اذیت مسیحیان منجر شد که با پاکسازی‌های بزرگ دیوکلتیان از سال ۳۰۳ به اوج خود رسید، اما در نهایت پیروزی با مسیحیت بود.[۶۹] تئودئوس یکم، امپراتور مسیحی روم، در سال ۳۹۱ قوانینی اعمال کرد که دین بومی را ممنوع و معابد را تعطیل می‌کرد.[۷۰] اسکندریه صحنهٔ شورش‌های بزرگ علیه بومیان شد و جلوه‌های مذهبی عمومی و خصوصی را تخریب کردند.[۷۱] در نتیجه، فرهنگ مذهبی بومی مصر رو به افول گذاشت. تکلم به زبان مصری ادامه یافت، اما دانش خواندن نوشته‌های هیروگلیف در اثر کاهش نقش کاهنان معبد مصری به تدریج از بین رفت. خود معابد گاه به کلیسا تبدیل و گاه متروک می‌شدند.[۷۲]

امپراتوری روم در قرن چهارم تقسیم شد و مصر خود را در امپراتوری شرقی به مرکزیت قسطنطنیه یافت. در سال‌های پایانی امپراتوری، مصر به دست ارتش ساسانی ایران (۶۱۸–۶۲۸) افتاد. امپراتور بیزانس هراکلیوس (۶۲۹–۶۳۹) آن را پس گرفت اما سرانجام مسلمانان در سال‌های ۶۳۹–۶۴۱ آن را فتح کردند. این به‌طور همزمان پایان حکومت بیزانس و دوره‌ای است که به‌طور مرسوم «مصر باستان» در نظر گرفته می‌شود.